From f2c4805e884542b694e5c22553496fa8bdde31be Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: henning Date: Fri, 21 Jun 2024 14:04:43 +0200 Subject: [PATCH 1/2] Fix tests --- protzilla/importing/metadata_import.py | 23 +- protzilla/run.py | 3 + protzilla/runner.py | 5 +- protzilla/steps.py | 15 +- tests/proteinGroups_small.txt | 146 + .../importing/test_metadata_import.py | 2 +- tests/protzilla/test_runner.py | 140 +- .../DIANN_data/correct_metadata_table.csv | 2 +- .../DIANN_data/correct_protein_df.csv | 47666 +++------------- ui/runs/forms/data_preprocessing.py | 15 +- 10 files changed, 8233 insertions(+), 39784 deletions(-) create mode 100644 tests/proteinGroups_small.txt diff --git a/protzilla/importing/metadata_import.py b/protzilla/importing/metadata_import.py index 64ab0d50..c31f930d 100644 --- a/protzilla/importing/metadata_import.py +++ b/protzilla/importing/metadata_import.py @@ -122,6 +122,7 @@ def metadata_import_method_diann( return dict( messages=[dict(level=logging.ERROR, msg=msg)], ) + meta_df.rename(columns={"sample name": "Sample"}, inplace=True) if file_path.startswith( f"{PROJECT_PATH}/tests/protzilla/importing/conversion_tmp_" @@ -129,20 +130,26 @@ def metadata_import_method_diann( os.remove(file_path) if groupby_sample: - # we want to take the median of all MS runs (column "Sample" in the intensity df) for each Sample - # (column "sample name" in the metadata df) + # we want to take the median of all MS runs (column "Sample" in the protein df) for each Sample + # (column "Sample" in the metadata df) + protein_df.rename(columns={"Sample": "MS run"}, inplace=True) protein_df = pd.merge( protein_df, - meta_df[["MS run", "sample name"]], - left_on="Sample", + meta_df[["MS run", "Sample"]], + left_on="MS run", right_on="MS run", how="left", ) - protein_df = protein_df.groupby( - ["Protein ID", "sample name"], as_index=False - ).median() - protein_df.rename(columns={"sample name": "Sample"}, inplace=True) + protein_df = ( + protein_df.groupby(["Protein ID", "Sample"])["Intensity"] + .median() + .reset_index() + ) return dict(protein_df=protein_df, metadata_df=meta_df) + else: + meta_df.rename( + columns={"MS run": "Sample", "Sample": "Sample Group"}, inplace=True + ) return dict(protein_df=protein_df, metadata_df=meta_df) diff --git a/protzilla/run.py b/protzilla/run.py index 1f451e89..3ed91398 100644 --- a/protzilla/run.py +++ b/protzilla/run.py @@ -5,6 +5,7 @@ import traceback import protzilla.constants.paths as paths +from protzilla.constants.protzilla_logging import logger from protzilla.steps import Messages, Output, Plots, Step from protzilla.utilities import format_trace @@ -31,6 +32,8 @@ def __enter__(self): def __exit__(self, exc_type, exc_value, tb): if exc_type: formatted_trace = format_trace(traceback.format_exception(exc_value)) + # print the traceback to the console + logger.exception(exc_value) if ( hasattr(self.run, "current_step") and self.run.current_step is not None diff --git a/protzilla/runner.py b/protzilla/runner.py index 50cbf127..195d8cee 100644 --- a/protzilla/runner.py +++ b/protzilla/runner.py @@ -92,7 +92,8 @@ def compute_workflow(self): if not step.finished: break - self.run.step_next() + if self.run.steps.current_step_index < len(self.run.steps.all_steps) - 1: + self.run.step_next() self.run._run_write() def _insert_commandline_inputs(self, step): @@ -123,6 +124,8 @@ def _perform_current_step(self, params=None): def _save_plots_html(self, step): for i, plot in enumerate(step.plots): + if isinstance(plot, bytes): + continue plot_path = f"{self.plots_path}/{self.run.steps.current_step_index}-{step.section}-{step.operation}-{step.display_name}-{i}.html" plot.write_html(plot_path) diff --git a/protzilla/steps.py b/protzilla/steps.py index ad898d9e..f940a48e 100644 --- a/protzilla/steps.py +++ b/protzilla/steps.py @@ -12,6 +12,7 @@ import plotly from PIL import Image +from protzilla.constants.protzilla_logging import logger from protzilla.utilities import format_trace @@ -79,6 +80,7 @@ def calculate(self, steps: StepManager, inputs: dict) -> None: self.validate_outputs() except NotImplementedError as e: + logger.exception(e) self.messages.append( dict( level=logging.ERROR, @@ -87,6 +89,7 @@ def calculate(self, steps: StepManager, inputs: dict) -> None: ) ) except ValueError as e: + logger.exception(e) self.messages.append( dict( level=logging.ERROR, @@ -95,6 +98,7 @@ def calculate(self, steps: StepManager, inputs: dict) -> None: ) ) except TypeError as e: + logger.exception(e) self.messages.append( dict( level=logging.ERROR, @@ -102,17 +106,6 @@ def calculate(self, steps: StepManager, inputs: dict) -> None: trace=format_trace(traceback.format_exception(e)), ) ) - except Exception as e: - self.messages.append( - dict( - level=logging.ERROR, - msg=( - f"An error occurred while calculating this step: {e.__class__.__name__} {e} " - f"Please check your parameters or report a potential programming issue." - ), - trace=format_trace(traceback.format_exception(e)), - ) - ) def method(self, **kwargs) -> dict: raise NotImplementedError("This method must be implemented in a subclass.") diff --git a/tests/proteinGroups_small.txt b/tests/proteinGroups_small.txt new file mode 100644 index 00000000..f6333baa --- /dev/null +++ b/tests/proteinGroups_small.txt @@ -0,0 +1,146 @@ +Protein IDs Majority protein IDs Peptide counts (all) Peptide counts (razor+unique) Peptide counts (unique) Protein names Gene names Fasta headers Number of proteins Peptides Razor + unique peptides Unique peptides Peptides AD01_C1_INSOLUBLE_01 Peptides AD01_C1_INSOLUBLE_02 Peptides AD01_C1_INSOLUBLE_03 Peptides AD01_C2_INSOLUBLE_01 Peptides AD02_C1_INSOLUBLE_01 Peptides AD02_C1_INSOLUBLE_02 Peptides AD02_C2_INSOLUBLE_01 Peptides AD03_C1_INSOLUBLE_01 Peptides AD03_C1_INSOLUBLE_02 Peptides AD03_C1_INSOLUBLE_03 Peptides AD03_C2_INSOLUBLE_01 Peptides AD04_C1_INSOLUBLE_01 Peptides AD04_C2_INSOLUBLE_01 Peptides AD05_C2_INSOLUBLE_01 Peptides AD06_C1_INSOLUBLE_01 Peptides AD07_C1_INSOLUBLE_01 Peptides AD07_C1_INSOLUBLE_02 Peptides AD07_C1_INSOLUBLE_03 Peptides AD07_C2_INSOLUBLE_01 Peptides AD08_C2_INSOLUBLE_01 Peptides AD09_C1_INSOLUBLE_01 Peptides AD10_C1_INSOLUBLE_01 Peptides AD10_C2_INSOLUBLE_01 Peptides AD11_C2_INSOLUBLE_01 Peptides AD12_C2_INSOLUBLE_01 Peptides AD13_C2_INSOLUBLE_01 Peptides AD14_C2_INSOLUBLE_01 Peptides AD15_C2_INSOLUBLE_01 Peptides AD16_C2_INSOLUBLE_01 Peptides AD17_C2_INSOLUBLE_01 Peptides AD18_C2_INSOLUBLE_01 Peptides AD19_C2_INSOLUBLE_01 Peptides AD20_C1_INSOLUBLE_01 Peptides AD21_C1_INSOLUBLE_01 Peptides AD21_C2_INSOLUBLE_01 Peptides AD22_C1_INSOLUBLE_01 Peptides AD23_C1_INSOLUBLE_01 Peptides AD23_C1_INSOLUBLE_02 Peptides AD23_C2_INSOLUBLE_01 Peptides AD24_C1_INSOLUBLE_01 Peptides AD24_C1_INSOLUBLE_02 Peptides AD25_C1_INSOLUBLE_01 Peptides AD26_C1_INSOLUBLE_01 Peptides AD27_C1_INSOLUBLE_01 Peptides AD27_C1_INSOLUBLE_02 Peptides AD28_C2_INSOLUBLE_01 Peptides AD29_C1_INSOLUBLE_01 Peptides AD30_C1_INSOLUBLE_01 Peptides AD30_C1_INSOLUBLE_02 Peptides AD30_C2_INSOLUBLE_01 Peptides AD31_C2_INSOLUBLE_01 Peptides AD32_C2_INSOLUBLE_01 Peptides AD33_C2_INSOLUBLE_01 Peptides AD34_C1_INSOLUBLE_01 Peptides AD34_C1_INSOLUBLE_02 Peptides AD35_C1_INSOLUBLE_01 Peptides AD35_C1_INSOLUBLE_02 Peptides AD36_C1_INSOLUBLE_01 Peptides AD37_C1_INSOLUBLE_01 Peptides AD37_C2_INSOLUBLE_01 Peptides AD38_C1_INSOLUBLE_01 Peptides AD38_C1_INSOLUBLE_02 Peptides AD38_C1_INSOLUBLE_03 Peptides AD39_C2_INSOLUBLE_01 Peptides AD40_C2_INSOLUBLE_01 Peptides AD41_C2_INSOLUBLE_01 Peptides AD42_C2_INSOLUBLE_01 Peptides AD43_C1_INSOLUBLE_01 Peptides AD44_C1_INSOLUBLE_01 Peptides AD44_C1_INSOLUBLE_02 Peptides AD44_C1_INSOLUBLE_03 Peptides AD44_C1_INSOLUBLE_04 Peptides AD45_C1_INSOLUBLE_01 Peptides AD45_C1_INSOLUBLE_02 Peptides AD46_C1_INSOLUBLE_01 Peptides AD46_C1_INSOLUBLE_02 Peptides AD46_C1_INSOLUBLE_03 Peptides AD46_C2_INSOLUBLE_01 Peptides AD47_C1_INSOLUBLE_01 Peptides AD48_C2_INSOLUBLE_01 Peptides AD49_C2_INSOLUBLE_01 Peptides CTR01_C1_INSOLUBLE_01 Peptides CTR02_C1_INSOLUBLE_01 Peptides CTR03_C1_INSOLUBLE_01 Peptides CTR04_C1_INSOLUBLE_01 Peptides CTR05_C2_INSOLUBLE_01 Peptides CTR06_C2_INSOLUBLE_01 Peptides CTR07_C1_INSOLUBLE_01 Peptides CTR08_C1_INSOLUBLE_01 Peptides CTR08_C2_INSOLUBLE_01 Peptides CTR09_C2_INSOLUBLE_01 Peptides CTR10_C1_INSOLUBLE_01 Peptides CTR10_C2_INSOLUBLE_01 Peptides CTR11_C2_INSOLUBLE_01 Peptides CTR12_C2_INSOLUBLE_01 Peptides CTR13_C2_INSOLUBLE_01 Peptides CTR14_C2_INSOLUBLE_01 Peptides CTR15_C2_INSOLUBLE_01 Peptides CTR16_C2_INSOLUBLE_01 Peptides CTR17_C2_INSOLUBLE_01 Peptides CTR18_C2_INSOLUBLE_01 Peptides CTR19_C1_INSOLUBLE_01 Peptides CTR20_C1_INSOLUBLE_01 Peptides CTR21_C2_INSOLUBLE_01 Peptides CTR22_C2_INSOLUBLE_01 Peptides CTR23_C2_INSOLUBLE_01 Peptides CTR24_C1_INSOLUBLE_01 Peptides CTR25_C1_INSOLUBLE_01 Peptides CTR26_C2_INSOLUBLE_01 Peptides CTR27_C1_INSOLUBLE_01 Peptides CTR28_C1_INSOLUBLE_01 Peptides CTR28_C1_INSOLUBLE_02 Peptides CTR28_C2_INSOLUBLE_01 Peptides CTR29_C1_INSOLUBLE_01 Peptides CTR29_C1_INSOLUBLE_02 Peptides CTR29_C1_INSOLUBLE_03 Peptides CTR30_C1_INSOLUBLE_01 Peptides CTR30_C1_INSOLUBLE_02 Peptides CTR30_C2_INSOLUBLE_01 Peptides CTR31_C1_INSOLUBLE_01 Peptides CTR31_C2_INSOLUBLE_01 Peptides CTR32_C1_INSOLUBLE_01 Peptides CTR32_C2_INSOLUBLE_01 Peptides CTR33_C1_INSOLUBLE_01 Peptides CTR34_C1_INSOLUBLE_01 Peptides CTR34_C2_INSOLUBLE_01 Peptides CTR35_C1_INSOLUBLE_01 Peptides CTR36_C1_INSOLUBLE_01 Peptides CTR36_C1_INSOLUBLE_02 Peptides CTR37_C1_INSOLUBLE_01 Peptides CTR38_C1_INSOLUBLE_01 Peptides CTR39_C1_INSOLUBLE_01 Peptides CTR40_C1_INSOLUBLE_01 Peptides CTR40_C1_INSOLUBLE_02 Peptides CTR40_C1_INSOLUBLE_03 Peptides CTR41_C1_INSOLUBLE_01 Peptides CTR41_C1_INSOLUBLE_02 Peptides CTR41_C1_INSOLUBLE_03 Peptides CTR42_C1_INSOLUBLE_01 Peptides CTR42_C1_INSOLUBLE_02 Peptides CTR42_C1_INSOLUBLE_03 Peptides CTR43_C2_INSOLUBLE_01 Peptides CTR44_C1_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides AD01_C1_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides AD01_C1_INSOLUBLE_02 Razor + unique 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AD12_C2_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides AD13_C2_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides AD14_C2_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides AD15_C2_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides AD16_C2_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides AD17_C2_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides AD18_C2_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides AD19_C2_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides AD20_C1_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides AD21_C1_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides AD21_C2_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides AD22_C1_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides AD23_C1_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides AD23_C1_INSOLUBLE_02 Razor + unique peptides AD23_C2_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides AD24_C1_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides AD24_C1_INSOLUBLE_02 Razor + unique peptides AD25_C1_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides AD26_C1_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides AD27_C1_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides AD27_C1_INSOLUBLE_02 Razor + unique peptides AD28_C2_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides 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unique peptides CTR28_C2_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides CTR29_C1_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides CTR29_C1_INSOLUBLE_02 Razor + unique peptides CTR29_C1_INSOLUBLE_03 Razor + unique peptides CTR30_C1_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides CTR30_C1_INSOLUBLE_02 Razor + unique peptides CTR30_C2_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides CTR31_C1_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides CTR31_C2_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides CTR32_C1_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides CTR32_C2_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides CTR33_C1_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides CTR34_C1_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides CTR34_C2_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides CTR35_C1_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides CTR36_C1_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides CTR36_C1_INSOLUBLE_02 Razor + unique peptides CTR37_C1_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides CTR38_C1_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides CTR39_C1_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides CTR40_C1_INSOLUBLE_01 Razor + unique peptides 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cytoskeletal 6C KRT6C ;K2C6C_HUMAN Keratin, type II cytoskeletal 6C OS=Homo sapiens GN=KRT6C PE=1 SV=3 2 48 1 1 5 5 7 19 6 8 19 6 8 9 14 11 22 15 11 7 7 11 17 13 8 9 11 13 17 13 18 20 19 17 21 20 7 7 17 10 4 11 29 4 5 7 9 15 14 14 8 6 8 19 12 11 15 5 5 6 8 5 6 13 17 12 14 12 16 2 12 9 8 7 8 11 6 8 8 7 9 9 8 16 19 6 7 4 8 27 16 9 16 27 22 19 11 25 12 18 21 18 6 42 12 7 7 14 19 14 6 7 19 8 5 6 16 7 6 7 2 8 20 7 9 7 15 9 6 19 8 17 16 7 8 12 15 11 15 15 13 6 16 7 13 23 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 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842146;1859300 18 87 -1;-1 +CON__Q7Z794;Q7Z794 CON__Q7Z794;Q7Z794 19;19 13;13 11;11 Keratin, type II cytoskeletal 1b KRT77 ;K2C1B_HUMAN Keratin, type II cytoskeletal 1b OS=Homo sapiens GN=KRT77 PE=1 SV=3 2 19 13 11 2 2 2 3 3 4 3 2 3 2 4 3 4 3 1 2 3 3 3 4 3 2 3 4 2 3 2 3 3 7 16 7 1 2 3 2 1 2 4 2 2 1 2 3 2 4 2 2 3 3 4 3 4 2 1 2 2 3 1 3 3 3 4 3 4 2 2 3 3 1 3 3 2 2 3 3 3 2 2 3 2 3 3 3 3 3 4 2 3 5 3 4 3 5 2 4 2 3 2 3 2 2 2 4 3 4 3 3 3 4 4 1 3 4 3 2 1 3 5 2 3 2 4 4 2 3 2 3 4 2 4 3 2 3 4 4 4 2 3 3 4 2 4 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 1 1 0 0 1 1 5 12 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 2 0 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 1 1 0 0 1 1 4 11 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 2 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 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A thioester hydrolase ACOT7 BACH_HUMAN Isoform 4 of Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase OS=Homo sapiens GN=ACOT7;BACH_HUMAN Isoform 6 of Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase OS=Homo sapiens GN=ACOT7;BACH_HUMAN Isoform 7 of Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrol 8 24 24 24 11 11 14 12 11 11 14 7 5 7 9 8 13 20 13 7 7 6 12 19 15 16 13 9 20 8 20 21 21 20 19 18 17 18 10 15 7 17 12 15 16 17 17 16 15 13 12 14 14 10 11 11 14 16 12 18 18 17 17 9 13 12 14 19 21 6 21 11 15 14 13 12 16 15 17 16 18 22 10 21 23 16 15 18 13 20 14 14 13 14 14 14 14 19 19 19 20 18 7 21 7 17 20 12 12 13 16 16 14 17 18 15 11 15 16 16 2 16 13 15 12 17 12 16 20 12 17 15 16 15 18 16 17 10 15 16 19 16 15 15 14 19 16 11 11 14 12 11 11 14 7 5 7 9 8 13 20 13 7 7 6 12 19 15 16 13 9 20 8 20 21 21 20 19 18 17 18 10 15 7 17 12 15 16 17 17 16 15 13 12 14 14 10 11 11 14 16 12 18 18 17 17 9 13 12 14 19 21 6 21 11 15 14 13 12 16 15 17 16 18 22 10 21 23 16 15 18 13 20 14 14 13 14 14 14 14 19 19 19 20 18 7 21 7 17 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\ No newline at end of file diff --git a/tests/protzilla/importing/test_metadata_import.py b/tests/protzilla/importing/test_metadata_import.py index c5d9738f..6b698ad9 100644 --- a/tests/protzilla/importing/test_metadata_import.py +++ b/tests/protzilla/importing/test_metadata_import.py @@ -57,7 +57,7 @@ def test_metadata_import_diann(run_empty): test_metadata, run_empty.current_outputs["metadata_df"] ) pd.testing.assert_frame_equal( - test_protein_df, run_empty.steps.get_step_output(DiannImport, "protein_df") + test_protein_df, run_empty.current_outputs["protein_df"] ) diff --git a/tests/protzilla/test_runner.py b/tests/protzilla/test_runner.py index 03f76e60..d96bb632 100644 --- a/tests/protzilla/test_runner.py +++ b/tests/protzilla/test_runner.py @@ -12,13 +12,13 @@ sys.path.append(f"{PROJECT_PATH}") from protzilla.runner import Runner, _serialize_graphs -from runner_cli import args_parser from protzilla.steps import Output, Plots +from runner_cli import args_parser @pytest.fixture def ms_data_path(): - return "tests/proteinGroups_small_cut.txt" + return "tests/proteinGroups_small.txt" @pytest.fixture @@ -43,7 +43,8 @@ def mock_current_parameters(*args, **kwargs): # side effect to mark the step as finished runner.run.current_step.output = Output( - {key: "mock_output_value" for key in runner.run.current_step.output_keys}) + {key: "mock_output_value" for key in runner.run.current_step.output_keys} + ) if len(runner.run.current_step.output_keys) == 0: runner.run.current_step.plots = Plots(["mock_plot"]) @@ -69,7 +70,7 @@ def test_runner_imports( monkeypatch, tests_folder_name, ms_data_path, metadata_path, peptide_path ): importing_args = [ - "standard", # expects max-quant import, metadata import + ".standard", # expects max-quant import, metadata import ms_data_path, f"--run_name={tests_folder_name}/test_runner_{random_string()}", f"--meta_data_path={metadata_path}", @@ -88,34 +89,87 @@ def test_runner_imports( runner.compute_workflow() expected_methods = [ - 'MaxQuantImport', - 'MetadataImport', - 'FilterProteinsBySamplesMissing', - 'FilterSamplesByProteinIntensitiesSum', - 'ImputationByKNN', - 'OutlierDetectionByLocalOutlierFactor', - 'NormalisationByMedian', - 'TransformationLog', - 'PlotProtQuant', - 'DifferentialExpressionTTest', - 'PlotVolcano', - 'EnrichmentAnalysisGOAnalysisWithString', - 'PlotGOEnrichmentBarPlot' + "MaxQuantImport", + "MetadataImport", + "FilterProteinsBySamplesMissing", + "FilterSamplesByProteinIntensitiesSum", + "ImputationByKNN", + "OutlierDetectionByLocalOutlierFactor", + "NormalisationByMedian", + "TransformationLog", + "PlotProtQuant", + "DifferentialExpressionTTest", + "PlotVolcano", + "EnrichmentAnalysisGOAnalysisWithString", + "PlotGOEnrichmentBarPlot", ] expected_method_parameters = [ - call({'intensity_name': 'iBAQ', 'map_to_uniprot': False, 'file_path': 'tests/proteinGroups_small_cut.txt'}), - call({'feature_orientation': 'Columns (samples in rows, features in columns)', 'file_path': 'tests/metadata_cut_columns.csv'}), - call({'percentage': 0.5}), - call({'deviation_threshold': 2.0}), - call({'number_of_neighbours': 5}), - call({'number_of_neighbors': 20}), - call({'percentile': 0.5}), - call({'log_base': 'log2'}), - call({'similarity_measure': 'euclidean distance'}), - call({'alpha': 0.05}), - call({'fc_threshold': 1}), - call({'differential_expression_threshold': 1, 'direction': 'both', 'gene_sets_restring': [], 'organism': 9606}), - call({'colors': [], 'cutoff': 0.05, 'gene_sets': ['Process', 'Component', 'Function', 'KEGG'], 'top_terms': 10, 'value': 'p-value'}) + call( + { + "intensity_name": "iBAQ", + "map_to_uniprot": False, + "file_path": "tests/proteinGroups_small.txt", + } + ), + call( + { + "feature_orientation": "Columns (samples in rows, features in columns)", + "file_path": "tests/metadata_cut_columns.csv", + } + ), + call({"percentage": 0.5}), + call({"deviation_threshold": 2.0}), + call({"number_of_neighbours": 5}), + call({"number_of_neighbors": 20}), + call({"percentile": 0.5}), + call({"log_base": "log2"}), + call( + { + "input_df": "TransformationLog_1", + "protein_group": "P10636;P10636-9", + "similarity": 1, + "similarity_measure": "euclidean distance", + } + ), + call( + { + "alpha": 0.05, + "group1": "AD", + "group2": "CTR", + "grouping": "Group", + "multiple_testing_correction_method": "Benjamini-Hochberg", + "protein_df": "TransformationLog_1", + "ttest_type": "Welch's t-Test", + } + ), + call( + { + "fc_threshold": 1, + "input_dict": "DifferentialExpressionTTest_1", + "proteins_of_interest": [], + } + ), + call( + { + "background_path": None, + "differential_expression_threshold": 1, + "direction": "both", + "gene_sets_restring": ["Component", "Function", "KEGG", "Process"], + "organism": 9606, + "protein_df": "DifferentialExpressionTTest_1", + } + ), + call( + { + "colors": [], + "cutoff": 0.05, + "gene_sets": ["Process", "Component", "Function", "KEGG"], + "input_df_step_instance": "EnrichmentAnalysisGOAnalysisWithString_1", + "title": None, + "top_terms": 10, + "value": "p-value", + } + ), ] assert mock_method.call_count == 13 @@ -168,10 +222,20 @@ def test_runner_calculates(monkeypatch, tests_folder_name, ms_data_path, metadat "FilterProteinsBySamplesMissing", ] assert mock_method.call_args_list == [ - call({'intensity_name': 'iBAQ', 'map_to_uniprot': False, 'file_path': 'tests/proteinGroups_small_cut.txt'}), - call({'feature_orientation': 'Columns (samples in rows, features in columns)', - 'file_path': 'tests/metadata_cut_columns.csv'}), - call({'percentage': 0.5}) + call( + { + "intensity_name": "iBAQ", + "map_to_uniprot": False, + "file_path": "tests/proteinGroups_small.txt", + } + ), + call( + { + "feature_orientation": "Columns (samples in rows, features in columns)", + "file_path": "tests/metadata_cut_columns.csv", + } + ), + call({"percentage": 0.5}), ] mock_plot.assert_not_called() @@ -251,11 +315,13 @@ def test_serialize_workflow_graphs(): assert _serialize_graphs(step["graphs"]) == serial_filter_graphs -def test_integration_runner(metadata_path, ms_data_path, tests_folder_name, monkeypatch): +def test_integration_runner( + metadata_path, ms_data_path, tests_folder_name, monkeypatch +): name = tests_folder_name + "/test_runner_integration_" + random_string() runner = Runner( **{ - "workflow": "standard", + "workflow": ".standard", "ms_data_path": f"{PROJECT_PATH}/{ms_data_path}", "meta_data_path": f"{PROJECT_PATH}/{metadata_path}", "peptides_path": None, @@ -276,7 +342,7 @@ def test_integration_runner_no_plots(metadata_path, ms_data_path, tests_folder_n name = tests_folder_name + "/test_runner_integration" + random_string() runner = Runner( **{ - "workflow": "standard", + "workflow": ".standard", "ms_data_path": f"{PROJECT_PATH}/{ms_data_path}", "meta_data_path": f"{PROJECT_PATH}/{metadata_path}", "peptides_path": None, diff --git a/tests/test_data/DIANN_data/correct_metadata_table.csv 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+A0A024R4E5;C9J5E5;C9JES8;C9JHS7;C9JHZ8;C9JIZ1;C9JZI8;H7C0A4;Q00341,24h ko DMSO,142291.0 +A0A024R4E5;C9J5E5;C9JES8;C9JHS7;C9JHZ8;C9JIZ1;C9JZI8;H7C0A4;Q00341,24h ko Prodi,135902.0 +A0A024R4E5;C9J5E5;C9JES8;C9JHS7;C9JHZ8;C9JIZ1;C9JZI8;H7C0A4;Q00341,24h wt DMSO,64335.3 +A0A024R4E5;C9J5E5;C9JES8;C9JHS7;C9JHZ8;C9JIZ1;C9JZI8;H7C0A4;Q00341,24h wt Prodi,96334.2 +A0A024R5G9;A0A7I2V2K3;A0A7I2V313;A0A7I2V3E7;A0A7I2V3L9;A0A7I2V3M3;A0A7I2V3V9;A0A7I2V3X1;A0A7I2V411;A0A7I2V4A8;A0A7I2V5B9;A0A7I2V5F8;A0A7I2V5Q1;A0A7I2YQB3;A0A7I2YQH8;A0A7I2YQW3;H0YD65;H0YE42;Q9UBX1,24h ko DMSO,62315.850000000006 +A0A024R5G9;A0A7I2V2K3;A0A7I2V313;A0A7I2V3E7;A0A7I2V3L9;A0A7I2V3M3;A0A7I2V3V9;A0A7I2V3X1;A0A7I2V411;A0A7I2V4A8;A0A7I2V5B9;A0A7I2V5F8;A0A7I2V5Q1;A0A7I2YQB3;A0A7I2YQH8;A0A7I2YQW3;H0YD65;H0YE42;Q9UBX1,24h ko Prodi,82368.5 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+A0A024RA87;A0A0U1RRE1;A0A0U1RRH9;E7EPK1;E7ES33;G3V1Q4;Q16181;Q6ZU15,24h ko DMSO,98817.0 +A0A024RA87;A0A0U1RRE1;A0A0U1RRH9;E7EPK1;E7ES33;G3V1Q4;Q16181;Q6ZU15,24h ko Prodi,111513.5 +A0A024RA87;A0A0U1RRE1;A0A0U1RRH9;E7EPK1;E7ES33;G3V1Q4;Q16181;Q6ZU15,24h wt DMSO,127109.0 +A0A024RA87;A0A0U1RRE1;A0A0U1RRH9;E7EPK1;E7ES33;G3V1Q4;Q16181;Q6ZU15,24h wt Prodi,123840.0 +A0A024RCL3;A0A0G2JH58;A0A0G2JH91;A0A0G2JHB5;A0A0G2JJ55;A0A0G2JK11;A0A140T979;A0A140T986;A0A140T9B8;A0A140T9D8;A0A140T9H4;A0A140T9M1;A0A140T9M6;A0A140T9P3;A0A140T9T9;A0A1W2PPN1;A0A1W2PRA6;F5H7Q8;H0Y615;Q29980;Q96QC4,24h ko DMSO,79492.4 +A0A024RCL3;A0A0G2JH58;A0A0G2JH91;A0A0G2JHB5;A0A0G2JJ55;A0A0G2JK11;A0A140T979;A0A140T986;A0A140T9B8;A0A140T9D8;A0A140T9H4;A0A140T9M1;A0A140T9M6;A0A140T9P3;A0A140T9T9;A0A1W2PPN1;A0A1W2PRA6;F5H7Q8;H0Y615;Q29980;Q96QC4,24h ko Prodi,84674.7 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+A0A1W2PQ90;A0A494BZX5;A0A494C0Y7;A0A494C122;A0A494C1B7;E7EN38;E7ESD9;Q92878,24h ko DMSO,94657.4 +A0A1W2PQ90;A0A494BZX5;A0A494C0Y7;A0A494C122;A0A494C1B7;E7EN38;E7ESD9;Q92878,24h ko Prodi,74741.5 +A0A1W2PQ90;A0A494BZX5;A0A494C0Y7;A0A494C122;A0A494C1B7;E7EN38;E7ESD9;Q92878,24h wt DMSO,85618.7 +A0A1W2PQ90;A0A494BZX5;A0A494C0Y7;A0A494C122;A0A494C1B7;E7EN38;E7ESD9;Q92878,24h wt Prodi,81922.54999999999 +A0A1W2PQD2;Q9UBB4,24h ko DMSO,168154.0 +A0A1W2PQD2;Q9UBB4,24h ko Prodi,134659.0 +A0A1W2PQD2;Q9UBB4,24h wt DMSO,98614.4 +A0A1W2PQD2;Q9UBB4,24h wt Prodi,127237.0 +A0A1W2PQS6;O95989;S4R435,24h ko DMSO,58083.7 +A0A1W2PQS6;O95989;S4R435,24h ko Prodi,113613.0 +A0A1W2PQS6;O95989;S4R435,24h wt DMSO,66404.6 +A0A1W2PQS6;O95989;S4R435,24h wt Prodi,135912.05 +A0A1W2PQV2;H3BUH9;P23434,24h ko DMSO,19976.2 +A0A1W2PQV2;H3BUH9;P23434,24h ko Prodi, +A0A1W2PQV2;H3BUH9;P23434,24h wt DMSO,37659.7 +A0A1W2PQV2;H3BUH9;P23434,24h wt Prodi,258391.0 +A0A1X7SBT7;O95502,24h ko DMSO,21729.1 +A0A1X7SBT7;O95502,24h ko Prodi,21266.5 +A0A1X7SBT7;O95502,24h wt DMSO,58544.55 +A0A1X7SBT7;O95502,24h wt Prodi,60286.95 +A0A1X7SBZ2;A0A5H1ZRQ2;Q92841,24h ko DMSO,568848.0 +A0A1X7SBZ2;A0A5H1ZRQ2;Q92841,24h ko Prodi,534109.0 +A0A1X7SBZ2;A0A5H1ZRQ2;Q92841,24h wt DMSO,458972.0 +A0A1X7SBZ2;A0A5H1ZRQ2;Q92841,24h wt Prodi,431595.0 +A0A286YES1;A0A286YEY4;A0A4W9A917;P01859;P01860,24h ko DMSO,10856.5 +A0A286YES1;A0A286YEY4;A0A4W9A917;P01859;P01860,24h ko Prodi,194263.55 +A0A286YES1;A0A286YEY4;A0A4W9A917;P01859;P01860,24h wt DMSO,238323.0 +A0A286YES1;A0A286YEY4;A0A4W9A917;P01859;P01860,24h wt Prodi, +A0A286YEV6;A0A286YEY9;A0A286YF01;A0A286YF46;A0A286YF60;A0A286YF77;A0A286YFB4;A0A286YFG1;P0DSO2,24h ko DMSO, +A0A286YEV6;A0A286YEY9;A0A286YF01;A0A286YF46;A0A286YF60;A0A286YF77;A0A286YFB4;A0A286YFG1;P0DSO2,24h ko Prodi, +A0A286YEV6;A0A286YEY9;A0A286YF01;A0A286YF46;A0A286YF60;A0A286YF77;A0A286YFB4;A0A286YFG1;P0DSO2,24h wt DMSO,161536.0 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+A0A2R8Y3N3;A0A2R8Y5P7;A0A2R8Y6I1;A0A6Q8PF07;A0A6Q8PF47;A0A6Q8PFF2;A0A6Q8PHA5;A0A6Q8PHE3;B4DDD8;B4DQ67;B4E1C5;D6RB22;E7ETE2;P12081;P49590,24h ko DMSO,381903.0 +A0A2R8Y3N3;A0A2R8Y5P7;A0A2R8Y6I1;A0A6Q8PF07;A0A6Q8PF47;A0A6Q8PFF2;A0A6Q8PHA5;A0A6Q8PHE3;B4DDD8;B4DQ67;B4E1C5;D6RB22;E7ETE2;P12081;P49590,24h ko Prodi,388638.0 +A0A2R8Y3N3;A0A2R8Y5P7;A0A2R8Y6I1;A0A6Q8PF07;A0A6Q8PF47;A0A6Q8PFF2;A0A6Q8PHA5;A0A6Q8PHE3;B4DDD8;B4DQ67;B4E1C5;D6RB22;E7ETE2;P12081;P49590,24h wt DMSO,402587.0 +A0A2R8Y3N3;A0A2R8Y5P7;A0A2R8Y6I1;A0A6Q8PF07;A0A6Q8PF47;A0A6Q8PFF2;A0A6Q8PHA5;A0A6Q8PHE3;B4DDD8;B4DQ67;B4E1C5;D6RB22;E7ETE2;P12081;P49590,24h wt Prodi,421250.0 +A0A2R8Y3W6;A0A2R8Y4D6;A0A2R8Y4H0;A0A2R8Y5A0;A0A2R8Y797;A0A2R8Y7T1;A0A2R8YCK2;A0A2R8YD58;A0A2R8YDP2;A0A2R8YDY7;A0A2R8YEL7;A0A2R8YEW1;A0A2R8YF43;A0A2R8YF47;A0A2R8YFU2;E7EU96;P68400;Q8NEV1;V9GY80;V9GYA2,24h ko DMSO,115733.0 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wt Prodi,386067.0 +A0A2R8Y5S7;A0A2R8Y7M3;E9PNP4;P15311;P26038;P35241,24h ko DMSO,2326520.0 +A0A2R8Y5S7;A0A2R8Y7M3;E9PNP4;P15311;P26038;P35241,24h ko Prodi,2210730.0 +A0A2R8Y5S7;A0A2R8Y7M3;E9PNP4;P15311;P26038;P35241,24h wt DMSO,2333400.0 +A0A2R8Y5S7;A0A2R8Y7M3;E9PNP4;P15311;P26038;P35241,24h wt Prodi,3185130.0 +A0A2R8Y5T0;A0A2R8Y6H2;A0A2R8Y706;A0A2R8YFZ7;A0A2R8YGC7;A0A7P0T7V5;A0A7P0T825;A0A7P0T8N2;A0A7P0T8W5;A0A7P0T916;A0A7P0T934;A0A7P0T942;A0A7P0T990;A0A7P0T9C4;A0A7P0T9F1;A0A7P0T9K2;A0A7P0T9R4;A0A7P0T9S3;A0A7P0T9Y3;A0A7P0TA13;A0A7P0TAF3;A0A7P0TAM4;A0A7P0TAV5;A0A7P0TAW9;A0A7P0TB64;A0A7P0TB75;A0A7P0TBC9;A0A7P0TBJ7;A0A804HHY6;Q14204,24h ko DMSO,410203.0 +A0A2R8Y5T0;A0A2R8Y6H2;A0A2R8Y706;A0A2R8YFZ7;A0A2R8YGC7;A0A7P0T7V5;A0A7P0T825;A0A7P0T8N2;A0A7P0T8W5;A0A7P0T916;A0A7P0T934;A0A7P0T942;A0A7P0T990;A0A7P0T9C4;A0A7P0T9F1;A0A7P0T9K2;A0A7P0T9R4;A0A7P0T9S3;A0A7P0T9Y3;A0A7P0TA13;A0A7P0TAF3;A0A7P0TAM4;A0A7P0TAV5;A0A7P0TAW9;A0A7P0TB64;A0A7P0TB75;A0A7P0TBC9;A0A7P0TBJ7;A0A804HHY6;Q14204,24h ko 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+A0A669KBC0;B0QY34;B0QY35;H0Y645;H7BYT1;H7C0Y5;H7C3J2;P48730;P49674,24h ko Prodi, +A0A669KBC0;B0QY34;B0QY35;H0Y645;H7BYT1;H7C0Y5;H7C3J2;P48730;P49674,24h wt DMSO,132921.0 +A0A669KBC0;B0QY34;B0QY35;H0Y645;H7BYT1;H7C0Y5;H7C3J2;P48730;P49674,24h wt Prodi, +A0A669KBF2;P31327,24h ko DMSO,33170.7 +A0A669KBF2;P31327,24h ko Prodi,48165.7 +A0A669KBF2;P31327,24h wt DMSO,50988.4 +A0A669KBF2;P31327,24h wt Prodi,65021.350000000006 +A0A669KBG0;Q8NBP7,24h ko DMSO,3547440.0 +A0A669KBG0;Q8NBP7,24h ko Prodi,4476110.0 +A0A669KBG0;Q8NBP7,24h wt DMSO,4080810.0 +A0A669KBG0;Q8NBP7,24h wt Prodi,4290630.0 +A0A669KBL1;H3BND8;Q93009,24h ko DMSO,240711.0 +A0A669KBL1;H3BND8;Q93009,24h ko Prodi,256571.0 +A0A669KBL1;H3BND8;Q93009,24h wt DMSO,198871.0 +A0A669KBL1;H3BND8;Q93009,24h wt Prodi,184896.0 +A0A6I8PIK4;A0A6I8PLE7;A0A6I8PR89;A0A6I8PRZ0;A0A6I8PS32;A0A6I8PU73;A0A6I8PU89;A0A6I8PUC2;A0A6I8PUD4;K7EIH8;K7EK03;K7EPP7;K7ER44;Q99615,24h ko DMSO,83591.1 +A0A6I8PIK4;A0A6I8PLE7;A0A6I8PR89;A0A6I8PRZ0;A0A6I8PS32;A0A6I8PU73;A0A6I8PU89;A0A6I8PUC2;A0A6I8PUD4;K7EIH8;K7EK03;K7EPP7;K7ER44;Q99615,24h ko Prodi,98601.95 +A0A6I8PIK4;A0A6I8PLE7;A0A6I8PR89;A0A6I8PRZ0;A0A6I8PS32;A0A6I8PU73;A0A6I8PU89;A0A6I8PUC2;A0A6I8PUD4;K7EIH8;K7EK03;K7EPP7;K7ER44;Q99615,24h wt DMSO,100078.0 +A0A6I8PIK4;A0A6I8PLE7;A0A6I8PR89;A0A6I8PRZ0;A0A6I8PS32;A0A6I8PU73;A0A6I8PU89;A0A6I8PUC2;A0A6I8PUD4;K7EIH8;K7EK03;K7EPP7;K7ER44;Q99615,24h wt Prodi,85994.15 +A0A6I8PIP7;A0A6I8PIT3;A0A6I8PIV1;A0A6I8PL42;A0A6I8PLB3;A0A6I8PLB8;A0A6I8PRS0;A0A6I8PS05;B4DER1;Q9P2J5,24h ko DMSO,134845.0 +A0A6I8PIP7;A0A6I8PIT3;A0A6I8PIV1;A0A6I8PL42;A0A6I8PLB3;A0A6I8PLB8;A0A6I8PRS0;A0A6I8PS05;B4DER1;Q9P2J5,24h ko Prodi,133904.0 +A0A6I8PIP7;A0A6I8PIT3;A0A6I8PIV1;A0A6I8PL42;A0A6I8PLB3;A0A6I8PLB8;A0A6I8PRS0;A0A6I8PS05;B4DER1;Q9P2J5,24h wt DMSO,136057.0 +A0A6I8PIP7;A0A6I8PIT3;A0A6I8PIV1;A0A6I8PL42;A0A6I8PLB3;A0A6I8PLB8;A0A6I8PRS0;A0A6I8PS05;B4DER1;Q9P2J5,24h wt Prodi,151758.0 +A0A6I8PIS1;Q00796,24h ko DMSO,340862.0 +A0A6I8PIS1;Q00796,24h ko Prodi,369682.0 +A0A6I8PIS1;Q00796,24h wt DMSO,235425.0 +A0A6I8PIS1;Q00796,24h wt Prodi,244804.0 +A0A6I8PRN4;A0A6I8PTT9;Q06210,24h ko DMSO,326458.0 +A0A6I8PRN4;A0A6I8PTT9;Q06210,24h ko Prodi,295163.0 +A0A6I8PRN4;A0A6I8PTT9;Q06210,24h wt DMSO,279206.0 +A0A6I8PRN4;A0A6I8PTT9;Q06210,24h wt Prodi,245396.0 +A0A6I8PRV6;B1AK85;B1AK87;B1AK88;P47756,24h ko DMSO,201997.0 +A0A6I8PRV6;B1AK85;B1AK87;B1AK88;P47756,24h ko Prodi,236318.0 +A0A6I8PRV6;B1AK85;B1AK87;B1AK88;P47756,24h wt DMSO,234428.0 +A0A6I8PRV6;B1AK85;B1AK87;B1AK88;P47756,24h wt Prodi,191271.0 +A0A6I8PS14;F8W0I7;Q9HB63,24h ko DMSO,179394.0 +A0A6I8PS14;F8W0I7;Q9HB63,24h ko Prodi,229310.0 +A0A6I8PS14;F8W0I7;Q9HB63,24h wt DMSO,150788.0 +A0A6I8PS14;F8W0I7;Q9HB63,24h wt Prodi,187334.0 +A0A6I8PTZ8;A0A8V8TNY0;Q5TA58;Q9H9G7;Q9HCK5;Q9UKV8;Q9UL18,24h ko DMSO,41653.2 +A0A6I8PTZ8;A0A8V8TNY0;Q5TA58;Q9H9G7;Q9HCK5;Q9UKV8;Q9UL18,24h ko Prodi,35785.9 +A0A6I8PTZ8;A0A8V8TNY0;Q5TA58;Q9H9G7;Q9HCK5;Q9UKV8;Q9UL18,24h wt DMSO,43531.3 +A0A6I8PTZ8;A0A8V8TNY0;Q5TA58;Q9H9G7;Q9HCK5;Q9UKV8;Q9UL18,24h wt Prodi,56733.1 +A0A6Q8PEV5;A0A6Q8PF12;A0A6Q8PFB1;A0A6Q8PFB5;A0A6Q8PG60;A0A6Q8PH03;A0A7I2PK71;A0A7I2SYM4;C9J6R3;F8WAV3;Q9BYV8,24h ko DMSO,23160.0 +A0A6Q8PEV5;A0A6Q8PF12;A0A6Q8PFB1;A0A6Q8PFB5;A0A6Q8PG60;A0A6Q8PH03;A0A7I2PK71;A0A7I2SYM4;C9J6R3;F8WAV3;Q9BYV8,24h ko Prodi, +A0A6Q8PEV5;A0A6Q8PF12;A0A6Q8PFB1;A0A6Q8PFB5;A0A6Q8PG60;A0A6Q8PH03;A0A7I2PK71;A0A7I2SYM4;C9J6R3;F8WAV3;Q9BYV8,24h wt DMSO, +A0A6Q8PEV5;A0A6Q8PF12;A0A6Q8PFB1;A0A6Q8PFB5;A0A6Q8PG60;A0A6Q8PH03;A0A7I2PK71;A0A7I2SYM4;C9J6R3;F8WAV3;Q9BYV8,24h wt Prodi, +A0A6Q8PEX6;A0A6Q8PF66;A0A6Q8PFB7;A0A6Q8PFH9;A0A6Q8PFN8;A0A6Q8PG86;A0A6Q8PGW3;A0A6Q8PH48;A0A6Q8PHA0;A0A6Q8PHC9;A0A6Q8PHF4;A0A6Q8PHI5;F5H2T0;O95163,24h ko DMSO,142607.0 +A0A6Q8PEX6;A0A6Q8PF66;A0A6Q8PFB7;A0A6Q8PFH9;A0A6Q8PFN8;A0A6Q8PG86;A0A6Q8PGW3;A0A6Q8PH48;A0A6Q8PHA0;A0A6Q8PHC9;A0A6Q8PHF4;A0A6Q8PHI5;F5H2T0;O95163,24h ko Prodi,141858.0 +A0A6Q8PEX6;A0A6Q8PF66;A0A6Q8PFB7;A0A6Q8PFH9;A0A6Q8PFN8;A0A6Q8PG86;A0A6Q8PGW3;A0A6Q8PH48;A0A6Q8PHA0;A0A6Q8PHC9;A0A6Q8PHF4;A0A6Q8PHI5;F5H2T0;O95163,24h wt DMSO,134270.5 +A0A6Q8PEX6;A0A6Q8PF66;A0A6Q8PFB7;A0A6Q8PFH9;A0A6Q8PFN8;A0A6Q8PG86;A0A6Q8PGW3;A0A6Q8PH48;A0A6Q8PHA0;A0A6Q8PHC9;A0A6Q8PHF4;A0A6Q8PHI5;F5H2T0;O95163,24h wt Prodi,175903.5 +A0A6Q8PEZ3;A0A6Q8PFC0;A0A6Q8PFE6;A0A6Q8PH43;A0A7I2RVZ4;B4DI28;Q9UKA9,24h ko DMSO,406511.0 +A0A6Q8PEZ3;A0A6Q8PFC0;A0A6Q8PFE6;A0A6Q8PH43;A0A7I2RVZ4;B4DI28;Q9UKA9,24h ko Prodi,402558.0 +A0A6Q8PEZ3;A0A6Q8PFC0;A0A6Q8PFE6;A0A6Q8PH43;A0A7I2RVZ4;B4DI28;Q9UKA9,24h wt DMSO,381221.0 +A0A6Q8PEZ3;A0A6Q8PFC0;A0A6Q8PFE6;A0A6Q8PH43;A0A7I2RVZ4;B4DI28;Q9UKA9,24h wt Prodi,327711.0 +A0A6Q8PF33;A0A6Q8PF77;A0A6Q8PFK3;A0A6Q8PFY2;A0A6Q8PG28;A0A6Q8PGE8;A0A6Q8PGN5;A0A6Q8PGR9;A0A6Q8PH44;A0A6Q8PHJ2;A0A6Q8PHP3;A0A6Q8PHP7;H3BPK7;P49588,24h ko DMSO,484230.0 +A0A6Q8PF33;A0A6Q8PF77;A0A6Q8PFK3;A0A6Q8PFY2;A0A6Q8PG28;A0A6Q8PGE8;A0A6Q8PGN5;A0A6Q8PGR9;A0A6Q8PH44;A0A6Q8PHJ2;A0A6Q8PHP3;A0A6Q8PHP7;H3BPK7;P49588,24h ko Prodi,459470.0 +A0A6Q8PF33;A0A6Q8PF77;A0A6Q8PFK3;A0A6Q8PFY2;A0A6Q8PG28;A0A6Q8PGE8;A0A6Q8PGN5;A0A6Q8PGR9;A0A6Q8PH44;A0A6Q8PHJ2;A0A6Q8PHP3;A0A6Q8PHP7;H3BPK7;P49588,24h wt DMSO,383155.0 +A0A6Q8PF33;A0A6Q8PF77;A0A6Q8PFK3;A0A6Q8PFY2;A0A6Q8PG28;A0A6Q8PGE8;A0A6Q8PGN5;A0A6Q8PGR9;A0A6Q8PH44;A0A6Q8PHJ2;A0A6Q8PHP3;A0A6Q8PHP7;H3BPK7;P49588,24h wt Prodi,320935.0 +A0A6Q8PF35;A0A6Q8PFF9;A0A6Q8PG85;A0A6Q8PGM8;F5H875;F8VUA2;F8VVT7;Q9HD42,24h ko DMSO,68111.6 +A0A6Q8PF35;A0A6Q8PFF9;A0A6Q8PG85;A0A6Q8PGM8;F5H875;F8VUA2;F8VVT7;Q9HD42,24h ko Prodi,82377.15 +A0A6Q8PF35;A0A6Q8PFF9;A0A6Q8PG85;A0A6Q8PGM8;F5H875;F8VUA2;F8VVT7;Q9HD42,24h wt DMSO,87556.6 +A0A6Q8PF35;A0A6Q8PFF9;A0A6Q8PG85;A0A6Q8PGM8;F5H875;F8VUA2;F8VVT7;Q9HD42,24h wt Prodi,98854.65 +A0A6Q8PF43;A0A6Q8PFE7;A0A6Q8PFK8;A0A6Q8PGK1;A0A6Q8PGY2;A0A6Q8PH65;A0A6Q8PHA6;A0A6Q8PHJ6;P04792,24h ko DMSO,1591490.0 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+A0A6Q8PH23;A0A804CD06;A6PVN5;B4DDQ6;B7ZBP7;B7ZBP9;B7ZBQ0;F6WIT2;H0Y6E5;Q15257;Q68CR8,24h wt Prodi,48169.75 +A0A6Q8PH31;A0A6Q8PH35;A0A7I2V346;A0A7I2V4J0;A0A7I2V4Z0;A0A7I2V5Q6;A0A7I2YQN2;A0A7I2YQV8;F6UXX1;O43390;O60506,24h ko DMSO,788448.0 +A0A6Q8PH31;A0A6Q8PH35;A0A7I2V346;A0A7I2V4J0;A0A7I2V4Z0;A0A7I2V5Q6;A0A7I2YQN2;A0A7I2YQV8;F6UXX1;O43390;O60506,24h ko Prodi,740673.0 +A0A6Q8PH31;A0A6Q8PH35;A0A7I2V346;A0A7I2V4J0;A0A7I2V4Z0;A0A7I2V5Q6;A0A7I2YQN2;A0A7I2YQV8;F6UXX1;O43390;O60506,24h wt DMSO,808589.0 +A0A6Q8PH31;A0A6Q8PH35;A0A7I2V346;A0A7I2V4J0;A0A7I2V4Z0;A0A7I2V5Q6;A0A7I2YQN2;A0A7I2YQV8;F6UXX1;O43390;O60506,24h wt Prodi,678624.0 +A0A6Q8PH35;O43390,24h ko DMSO,119365.0 +A0A6Q8PH35;O43390,24h ko Prodi,115496.0 +A0A6Q8PH35;O43390,24h wt DMSO,105809.0 +A0A6Q8PH35;O43390,24h wt Prodi,106817.0 +A0A6Q8PHC3;G8JLG1;Q14683,24h ko DMSO,188553.0 +A0A6Q8PHC3;G8JLG1;Q14683,24h ko Prodi,208082.0 +A0A6Q8PHC3;G8JLG1;Q14683,24h wt DMSO,142530.0 +A0A6Q8PHC3;G8JLG1;Q14683,24h wt Prodi,141185.0 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Prodi,931325.0 +A0A8Q3WK65;D6RBV2;D6RDX1;Q12907,24h wt DMSO,924489.0 +A0A8Q3WK65;D6RBV2;D6RDX1;Q12907,24h wt Prodi,908961.0 +A0A8Q3WKF2;A0A8Q3WKH1;A0A8Q3WKK4;A0A8Q3WLU7;A0A8V8TMA7;A0A8V8TMC7;A0A8V8TMD6;A0A8V8TNC1;H7BXR3;H7BZK1;H7C1R7;O94875,24h ko DMSO, +A0A8Q3WKF2;A0A8Q3WKH1;A0A8Q3WKK4;A0A8Q3WLU7;A0A8V8TMA7;A0A8V8TMC7;A0A8V8TMD6;A0A8V8TNC1;H7BXR3;H7BZK1;H7C1R7;O94875,24h ko Prodi, +A0A8Q3WKF2;A0A8Q3WKH1;A0A8Q3WKK4;A0A8Q3WLU7;A0A8V8TMA7;A0A8V8TMC7;A0A8V8TMD6;A0A8V8TNC1;H7BXR3;H7BZK1;H7C1R7;O94875,24h wt DMSO,236494.0 +A0A8Q3WKF2;A0A8Q3WKH1;A0A8Q3WKK4;A0A8Q3WLU7;A0A8V8TMA7;A0A8V8TMC7;A0A8V8TMD6;A0A8V8TNC1;H7BXR3;H7BZK1;H7C1R7;O94875,24h wt Prodi,116391.0 +A0A8Q3WKR8;Q13907,24h ko DMSO,90593.9 +A0A8Q3WKR8;Q13907,24h ko Prodi,108461.0 +A0A8Q3WKR8;Q13907,24h wt DMSO,95270.9 +A0A8Q3WKR8;Q13907,24h wt Prodi,115844.0 +A0A8Q3WKV6;A0A8Q3WKW0;K7ERG9;P00746,24h ko DMSO,482504.0 +A0A8Q3WKV6;A0A8Q3WKW0;K7ERG9;P00746,24h ko Prodi,905163.0 +A0A8Q3WKV6;A0A8Q3WKW0;K7ERG9;P00746,24h wt DMSO,274005.0 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Prodi,806156.0 +A0A8V8TL97;A0A8V8TLA2;A0A8V8TLC0;A0A8V8TLR3;A0A8V8TN04;H7C4L3;H7C5N0;Q15477,24h ko DMSO,29496.2 +A0A8V8TL97;A0A8V8TLA2;A0A8V8TLC0;A0A8V8TLR3;A0A8V8TN04;H7C4L3;H7C5N0;Q15477,24h ko Prodi,38040.6 +A0A8V8TL97;A0A8V8TLA2;A0A8V8TLC0;A0A8V8TLR3;A0A8V8TN04;H7C4L3;H7C5N0;Q15477,24h wt DMSO,45126.6 +A0A8V8TL97;A0A8V8TLA2;A0A8V8TLC0;A0A8V8TLR3;A0A8V8TN04;H7C4L3;H7C5N0;Q15477,24h wt Prodi,54313.3 +A0A8V8TLK7;A0A8V8TLM6;A0A8V8TLN0;A0A8V8TM41;A0A8V8TM46;A0A8V8TN37;G3V0E5;P02786,24h ko DMSO,1910500.0 +A0A8V8TLK7;A0A8V8TLM6;A0A8V8TLN0;A0A8V8TM41;A0A8V8TM46;A0A8V8TN37;G3V0E5;P02786,24h ko Prodi,1746980.0 +A0A8V8TLK7;A0A8V8TLM6;A0A8V8TLN0;A0A8V8TM41;A0A8V8TM46;A0A8V8TN37;G3V0E5;P02786,24h wt DMSO,3296670.0 +A0A8V8TLK7;A0A8V8TLM6;A0A8V8TLN0;A0A8V8TM41;A0A8V8TM46;A0A8V8TN37;G3V0E5;P02786,24h wt Prodi,3702630.0 +A0A8V8TLR8;A0A8V8TLS5;A0A8V8TMR6;A0A8V8TN15;F8WE72;Q9Y3A5,24h ko DMSO,107554.0 +A0A8V8TLR8;A0A8V8TLS5;A0A8V8TMR6;A0A8V8TN15;F8WE72;Q9Y3A5,24h ko Prodi,125758.0 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