feat(workflow): add per-repository workflow override support

ARCHITECTURE.md

@@ -38,7 +38,7 @@ work-please/                      # Monorepo root (Bun + Turborepo)
 │   ├── cli.ts                    # CLI parsing and startup (Commander)
 │   ├── orchestrator.ts           # Core loop: poll → reconcile → dispatch → retry
 │   ├── config.ts                 # YAML front matter → typed ServiceConfig with env-var resolution
-│   ├── workflow.ts               # WORKFLOW.md parser (YAML front matter + Liquid body)
+│   ├── workflow.ts               # WORKFLOW.md parser + repo override merge (YAML front matter + Liquid body)
 │   ├── prompt-builder.ts         # Liquid template rendering (issue → prompt string)
 │   ├── agent-runner.ts           # Claude Code agent session via @anthropic-ai/claude-agent-sdk
 │   ├── workspace.ts              # Per-issue directory management, git worktrees, lifecycle hooks
@@ -195,13 +195,18 @@ simple for daemon operation.
 
 ### Configuration
 
-Single-file configuration via `WORKFLOW.md` in the target repository:
-
-- **YAML front matter** — Tracker connection, polling interval, workspace root, hooks, agent
-  limits, Claude CLI settings
-- **Liquid template body** — Prompt template rendered with issue context variables
-- **Live reload** — File watcher triggers re-parse; invalid configs are rejected with the last
-  known-good config retained
+Two-layer configuration via `WORKFLOW.md`:
+
+- **Global WORKFLOW.md** (operator) — Defines service-level settings (tracker, polling, workspace)
+  and default agent config. Read at startup and watched for live reload.
+- **Repo WORKFLOW.md** (target repository, optional) — Overrides selected agent-level settings and
+  the prompt template for issues from that repo. Only read when `repo_overrides: true` is set in
+  the global workflow. Service-level sections are never overridable (security boundary).
+- **Merge semantics** — Allowed config sections are deep-merged (repo values win); prompt template
+  is replaced if repo provides a non-empty one. Merge happens per-issue at dispatch time via
+  `resolveEffectiveWorkflow()` in the orchestrator.
+- **Live reload** — File watcher triggers re-parse of the global workflow; invalid configs are
+  rejected with the last known-good config retained.
 
 ### Authentication
 

README.ja.md

@@ -23,6 +23,10 @@ Work Pleaseはイシュートラッカーのタスクを隔離された自律的
 - [WORKFLOW.md設定](#workflowmd設定)
   - [完全なFront Matterスキーマ](#完全なfront-matterスキーマ)
   - [テンプレート変数](#テンプレート変数)
+- [リポジトリごとのワークフローオーバーライド](#リポジトリごとのワークフローオーバーライド)
+  - [仕組み](#仕組み)
+  - [オーバーライドルール](#オーバーライドルール)
+  - [例](#例)
 - [CLI使用方法](#cli使用方法)
 - [GitHub App認証](#github-app認証)
   - [GitHub App資格情報の設定](#github-app資格情報の設定)
@@ -75,6 +79,10 @@ GitHub Projects v2 / AsanaおよびClaude Codeに適応されています（Line
 - **動的設定リロード** — `WORKFLOW.md`を編集すると、サービス再起動なしで変更が適用されます。
 - **ワークスペースフック** — `after_create`、`before_run`、`after_run`、`before_remove`ライフサイクル
   イベントでシェルスクリプトを実行します。
+- **リポジトリごとのワークフローオーバーライド** — ターゲットリポジトリが独自の`WORKFLOW.md`を
+  提供して、エージェント設定とプロンプトテンプレートをカスタマイズできます。グローバルワークフローで
+  `repo_overrides: true`で有効化します。サービスレベルの設定（tracker、polling、workspace）は
+  オーバーライドされません。
 - **構造化ロギング** — 安定した`key=value`形式のオペレーター可視ログを提供します。
 - **オプションHTTPダッシュボード** — `--port`で有効化して、ランタイム状態とJSON APIを確認できます。
 
@@ -455,6 +463,12 @@ claude:
       commit: "🙏 Generated with [Work Please](https://github.com/pleaseai/work-please)"  # 任意: gitコミットメッセージに追加。デフォルトはWork Pleaseリンク。
       pr: "🙏 Generated with [Work Please](https://github.com/pleaseai/work-please)"      # 任意: PR説明に追加。デフォルトはWork Pleaseリンク。
 
+repo_overrides: true                  # 任意: ターゲットリポジトリが独自のWORKFLOW.mdでワークフローをオーバーライドできるようにする。
+                                      # デフォルト: false（リポジトリのWORKFLOW.mdファイルは無視される）。
+                                      # きめ細かい制御のためにオブジェクトも使用可能:
+                                      # repo_overrides:
+                                      #   allow: [agent, claude, env, prompt_template]  # リポジトリがオーバーライドできるセクションを制限
+
 server:
   port: 3000                          # 任意: このポートでHTTPダッシュボードを有効化
 ---
@@ -510,6 +524,93 @@ server:
 {% endif %}
 ```
 
+## リポジトリごとのワークフローオーバーライド
+
+複数のリポジトリにまたがるGitHub Projects v2プロジェクトを管理する場合、各ターゲットリポジトリが
+独自の`WORKFLOW.md`を提供して、グローバル設定を変更せずにエージェントの動作をカスタマイズできます。
+
+### 仕組み
+
+1. オペレーターのグローバル`WORKFLOW.md`がサービスを起動し、サービスレベルの設定（tracker、polling、
+   workspace）を定義します。この機能を有効にするには`repo_overrides: true`を含める必要があります。
+2. イシューがディスパッチされると、Work Pleaseはグローバル設定を使用してワークスペース
+   （クローン/ワークツリー）を作成します。
+3. ワークスペースの準備が完了すると、Work Pleaseはリポジトリルートの`WORKFLOW.md`を確認します。
+4. 見つかった場合、リポジトリの設定セクションがグローバル設定にディープマージされ（許可されたセクション
+   のみ）、リポジトリのプロンプトテンプレートがグローバルのものを置き換えます（空でない場合）。
+5. 有効な（マージされた）ワークフローがエージェントセッションに使用されます。
+
+### オーバーライドルール
+
+| セクション | オーバーライド可能 | 理由 |
+|-----------|-------------------|------|
+| `tracker` | 不可 | サービス資格情報 — セキュリティ境界 |
+| `polling` | 不可 | サービスレベルの関心事 |
+| `workspace` | 不可 | セキュリティ境界（パストラバーサル） |
+| `server` | 不可 | サービスレベルの関心事 |
+| `agent` | **可能** | `max_turns`、リトライ、同時実行数 |
+| `claude` | **可能** | `model`、`effort`、`allowed_tools`、`system_prompt`、`permission_mode` |
+| `hooks` | 明示的opt-inのみ | デフォルトには含まれません。`allow`に`hooks`を追加すると`before_run`/`after_run`のオーバーライドが可能 |
+| `env` | **可能** | エージェント用の追加環境変数 |
+| プロンプトテンプレート | **可能** | リポジトリごとのプロンプトカスタマイズ |
+
+きめ細かい形式でリポジトリがオーバーライドできる設定セクションを制限できます。リポジトリのプロンプトテンプレートは、`prompt_template`がallowリストから除外されない限り適用されます:
+
+```yaml
+repo_overrides:
+  allow: [agent, claude, env, prompt_template]
+```
+
+### 例
+
+**グローバルWORKFLOW.md（オペレーター）:**
+
+```yaml
+---
+tracker:
+  kind: github_projects
+  api_key: $GITHUB_TOKEN
+  owner: myorg
+  project_number: 5
+repo_overrides: true
+agent:
+  max_turns: 20
+claude:
+  effort: high
+---
+全リポジトリのデフォルトプロンプト...
+{{ issue.title }}
+```
+
+**ターゲットリポジトリのWORKFLOW.md（リポジトリチーム）:**
+
+```yaml
+---
+agent:
+  max_turns: 40
+claude:
+  model: claude-sonnet-4-20250514
+  effort: max
+env:
+  DATABASE_URL: $DATABASE_URL
+---
+{{ issue.identifier }}に取り組むバックエンドスペシャリストです。
+
+注力事項:
+- データベースマイグレーション
+- APIエンドポイントの実装
+{{ issue.description }}
+```
+
+**そのリポジトリのイシューに対する有効な結果:**
+
+- `tracker` — グローバルから（オーバーライド不可）
+- `agent.max_turns` — 40（リポジトリから）
+- `claude.model` — `claude-sonnet-4-20250514`（リポジトリから）
+- `claude.effort` — `max`（リポジトリから）
+- `env.DATABASE_URL` — `$DATABASE_URL`から解決（リポジトリから）
+- プロンプトテンプレート — リポジトリのカスタムテンプレート
+
 ## CLI使用方法
 
 ```bash

README.ko.md

@@ -23,6 +23,10 @@ Work Please는 이슈 트래커의 작업을 격리된 자율 구현 실행으
 - [WORKFLOW.md 설정](#workflowmd-설정)
   - [전체 Front Matter 스키마](#전체-front-matter-스키마)
   - [템플릿 변수](#템플릿-변수)
+- [저장소별 워크플로우 오버라이드](#저장소별-워크플로우-오버라이드)
+  - [동작 방식](#동작-방식)
+  - [오버라이드 규칙](#오버라이드-규칙)
+  - [예시](#예시)
 - [CLI 사용법](#cli-사용법)
 - [GitHub App 인증](#github-app-인증)
   - [GitHub App 자격 증명 설정](#github-app-자격-증명-설정)
@@ -75,6 +79,9 @@ GitHub Projects v2 / Asana 및 Claude Code에 맞게 적용되었습니다 (Line
 - **동적 설정 리로드** — `WORKFLOW.md`를 편집하면 서비스 재시작 없이 변경사항이 적용됩니다.
 - **워크스페이스 훅** — `after_create`, `before_run`, `after_run`, `before_remove` 라이프사이클
   이벤트에서 셸 스크립트를 실행합니다.
+- **저장소별 워크플로우 오버라이드** — 대상 저장소가 자체 `WORKFLOW.md`를 제공하여 에이전트 설정과
+  프롬프트 템플릿을 커스터마이즈할 수 있습니다. 글로벌 워크플로우에서 `repo_overrides: true`로
+  활성화합니다. 서비스 수준 설정(tracker, polling, workspace)은 절대 오버라이드되지 않습니다.
 - **구조화된 로깅** — 안정적인 `key=value` 형식의 운영자 가시 로그를 제공합니다.
 - **선택적 HTTP 대시보드** — `--port`로 활성화하여 런타임 상태와 JSON API를 확인할 수 있습니다.
 
@@ -455,6 +462,12 @@ claude:
       commit: "🙏 Generated with [Work Please](https://github.com/pleaseai/work-please)"  # 선택: git 커밋 메시지에 추가. 기본값은 Work Please 링크.
       pr: "🙏 Generated with [Work Please](https://github.com/pleaseai/work-please)"      # 선택: PR 설명에 추가. 기본값은 Work Please 링크.
 
+repo_overrides: true                  # 선택: 대상 저장소가 자체 WORKFLOW.md로 워크플로우를 오버라이드할 수 있도록 허용.
+                                      # 기본값: false (저장소 WORKFLOW.md 파일은 무시됨).
+                                      # 세분화된 제어를 위해 객체로도 설정 가능:
+                                      # repo_overrides:
+                                      #   allow: [agent, claude, env, prompt_template]  # 저장소가 오버라이드할 수 있는 섹션 제한
+
 server:
   port: 3000                          # 선택: 이 포트에서 HTTP 대시보드 활성화
 ---
@@ -510,6 +523,93 @@ server:
 {% endif %}
 ```
 
+## 저장소별 워크플로우 오버라이드
+
+여러 저장소에 걸쳐 있는 GitHub Projects v2 프로젝트를 관리할 때, 각 대상 저장소가 자체
+`WORKFLOW.md`를 제공하여 에이전트 동작을 커스터마이즈할 수 있습니다 — 글로벌 설정을 변경하지 않고도
+가능합니다.
+
+### 동작 방식
+
+1. 운영자의 글로벌 `WORKFLOW.md`가 서비스를 시작하고 서비스 수준 설정(tracker, polling, workspace)을
+   정의합니다. 이 기능을 활성화하려면 `repo_overrides: true`를 포함해야 합니다.
+2. 이슈가 디스패치되면, Work Please는 글로벌 설정을 사용하여 워크스페이스(클론/워크트리)를 생성합니다.
+3. 워크스페이스가 준비되면, Work Please는 저장소 루트에서 `WORKFLOW.md`를 확인합니다.
+4. 발견되면, 저장소의 설정 섹션이 글로벌 설정에 deep-merge되고(허용된 섹션만), 저장소의 프롬프트
+   템플릿이 글로벌 템플릿을 대체합니다(비어있지 않은 경우).
+5. 유효한(병합된) 워크플로우가 에이전트 세션에 사용됩니다.
+
+### 오버라이드 규칙
+
+| 섹션 | 오버라이드 가능 | 이유 |
+|------|----------------|------|
+| `tracker` | 불가 | 서비스 자격 증명 — 보안 경계 |
+| `polling` | 불가 | 서비스 수준 관심사 |
+| `workspace` | 불가 | 보안 경계 (경로 탐색) |
+| `server` | 불가 | 서비스 수준 관심사 |
+| `agent` | **가능** | `max_turns`, 재시도, 동시성 |
+| `claude` | **가능** | `model`, `effort`, `allowed_tools`, `system_prompt`, `permission_mode` |
+| `hooks` | 명시적 opt-in만 | 기본값에 미포함; `allow`에 `hooks` 추가 시 `before_run`/`after_run` 오버라이드 허용 |
+| `env` | **가능** | 에이전트용 추가 환경 변수 |
+| 프롬프트 템플릿 | **가능** | 저장소별 프롬프트 커스터마이즈 |
+
+세분화된 형태로 저장소가 오버라이드할 수 있는 config 섹션을 제한할 수 있습니다. 저장소 프롬프트 템플릿은 `prompt_template`이 allow 목록에서 제외되지 않는 한 적용됩니다:
+
+```yaml
+repo_overrides:
+  allow: [agent, claude, env, prompt_template]
+```
+
+### 예시
+
+**글로벌 WORKFLOW.md (운영자):**
+
+```yaml
+---
+tracker:
+  kind: github_projects
+  api_key: $GITHUB_TOKEN
+  owner: myorg
+  project_number: 5
+repo_overrides: true
+agent:
+  max_turns: 20
+claude:
+  effort: high
+---
+모든 저장소의 기본 프롬프트...
+{{ issue.title }}
+```
+
+**대상 저장소의 WORKFLOW.md (저장소 팀):**
+
+```yaml
+---
+agent:
+  max_turns: 40
+claude:
+  model: claude-sonnet-4-20250514
+  effort: max
+env:
+  DATABASE_URL: $DATABASE_URL
+---
+{{ issue.identifier }}에 대해 작업하는 백엔드 전문가입니다.
+
+집중 사항:
+- 데이터베이스 마이그레이션
+- API 엔드포인트 구현
+{{ issue.description }}
+```
+
+**해당 저장소의 이슈에 대한 유효 결과:**
+
+- `tracker` — 글로벌에서 (오버라이드 불가)
+- `agent.max_turns` — 40 (저장소에서)
+- `claude.model` — `claude-sonnet-4-20250514` (저장소에서)
+- `claude.effort` — `max` (저장소에서)
+- `env.DATABASE_URL` — `$DATABASE_URL`에서 해석됨 (저장소에서)
+- 프롬프트 템플릿 — 저장소의 커스텀 템플릿
+
 ## CLI 사용법
 
 ```bash