Biomni カスタマイズメモ

セットアップ手順

1. 環境ファイルの設定

以下のファイルを必要に応じてカスタマイズ：

• Dockerfile - Dockerイメージ作成用
• environment.yml - conda環境の設定
• bio_env.yml - ライフサイエンス関連専門ツール用の環境設定
• 使用するOSで使用できないようなツール（Linux専用のpipライブラリなど）をコメントアウト

2. Dockerイメージの作成と起動

# Dockerイメージを構築
docker-compose build

# コンテナを起動
docker-compose up -d

3. Jupyter Notebookへのアクセス

1. ブラウザで http://localhost:8888 にアクセス
2. トークンは、以下のコマンドでコンテナ内から確認： jupyter server list

4. 環境の最適化

不要なデータベースやツールを無効化するには：

• Jupyter Notebook内で、biomni/env_desc.py ファイルを編集
• 使用しないDB・ツールの行をコメントアウト

5. MCP設定

mcp_config.yaml ファイルを作成し、MCPサーバーの設定。

認証設定

APIキーなどの認証情報は .env ファイルで管理。