- Vu Tuan Minh
- Kesteman Amaël
Python 3.12
python -m venv .venv/
source ./venv/bin/activate
pip install -r requirements.txt
Voici un exemple d'utilisation de notre application :
python bloom_index.py -i file/genome_ecoli_100kb.fasta -o file/index.dump -s 23 -nb_hashes 1 -n 10000000
Ici est la commande pour créer le fichier index qui est un fichier dump. Nous vous conseillons de mettre les fichiers dump au même endroit que vos fichier .fasta.
Il faut bien changé le nom du fichier d'index entre chaque commande autrement, il ne pourra pas générer le nouveau fichier.
Afin d'obtenir plus d'information sur les options de commandes, il vous suffit de tapper la commande python bloom_index.py -hafin d'afficher le message d'aide et la documentation de la commande.
python bloom_query.py -q file/queries.fasta -i file/index.dump -o resultat.txt
Ici est l'exemple de la commande pour faire les requêtes.
Pour cette commande, Il n'est pas obligatoire de changer le nom du fichier avec les résultats mais il est conseillé de le faire, autrement les résultats vont s'écrire à la suite ce qui risque de compliqué la lecture de vos différents résultats.
De même que la commande bloom index, il vous suffit de tapper la commande python bloom_query.py -hafin d'afficher le message d'aide et la documentation de la commande.
python main.py -i file/genome_ecoli_100kb.fasta -q file/queries.fasta -o resultat.txt -s 23 -k 31 -nb_hashes 1 -n 10000000